制药工程学院是沈阳药科大学办学历史最长的院（系）之一。其前身为东北药学院制药系，经东北行政委员会批准，于1949年正式成立，历经沈阳药学院制药系、沈阳药科大学制药系发展历程。已形成以化学制药研究为特色、理工多学科交叉的办学和科研模式。自1977年以来培养本科生9248人，硕士研究生2058人，博士研究生336人。

制药工程学院是学校办学历史最长的院（系）之一。拥有药学博士后流动站和药物化学、制药工程两个二级学科博士学位授权点，药物化学学科为辽宁省重点学科；设有化学和化学工程与技术两个一级硕士学位授权点。招收药物化学、制药工程专业博士研究生；招收药物化学、制药工程、生物化工、应用化学、化学工艺、化学工程、环境化工、无机化学、有机化学、高分子化学与物理、环境化学等11个专业的学术型硕士研究生以及药学（药物化学方向）专业学位硕士、制药工程（工程领域）硕士研究生。招收制药工程、环境科学、应用化学、药物化学4个专业本科生，制药工程专业被教育部评为国家特色专业，应用化学专业为省级特色专业。不仅为药学学科在全国第四轮学科评估中获得 “A”，而且在学校成为辽宁省“双一流”重点建设高校和药学学科入选“一流学科”中发挥了重要的作用。

现有119名教职员工，其中教授25人，副教授40人，77.8%有博士学位，50.0%有海外留学背景。现有“百千万人才工程”国家级人选1人、国务院特殊津贴专家3人、国家中青年突出贡献专家1人、全国优秀科技工作者1人、辽宁省优秀专家3人、辽宁省攀登学者1人、辽宁省特聘教授5人、辽宁省优秀教师1人、辽宁省教学名师7人、辽宁省百千万人才工程百层次人选9人、“兴辽英才计划”领军人才2人和青年拔尖人才3人，教育部创新团队1个、高水平创新创业团队1个和辽宁省高校黄大年式教师团队1个。

制药工程学院狠抓本科质量工程建设，不断提升办学水平。面向全校本科20个专业，承担86门基础课、专业基础课、专业课和实验课的教学任务；承担16门研究生课程的教学任务。建设有国家级精品课程和精品资源共享课程2门（药物化学，化学制药工艺学），国家级双语示范课1门（药物化学），省级研究生精品课（药物化学专论），省级精品课5门（药物化学，有机化学，化学制药工艺学，药物合成反应，无机化学）；省级精品资源共享课6门（药物化学，化学制药工艺学，制药工程制图，无机化学，无机化学实验，精细化学品化学）；国家级实验教学示范中心1个（药学实验教学中心），省级实验教学示范中心2个（药物化学教学实验中心，制药工程与环境科学实验中心），省级教学团队2个（药物化学教学团队、有机化学教学团队），辽宁省教学名师5，校级名师7人。主编《药物化学》、《化学制药工艺学》、《制药工艺学》、《药物合成反应》、《有机化学》、《无机化学》、《化工原理》、《制药设备与车间设计》等全国统编教材多部。

制药工程学院具有较强的科研力量，科研工作十分活跃。围绕国家创新药物研究整体战略和国际新药研发前沿，紧密结合地方经济建设的需要，开展了以创新药物研究为特色的一系列应用基础、应用开发以及基础研究项目，取得了一系列创新性研究成果，已形成特色鲜明的优势研究方向。主要科研方向有药物分子合理设计和创新药物研究、基于靶点的药物设计与化学生物学研究、现代药物合成方法研究和现代制药工程与分离技术研究等。学院是国家科技重大专项“重大新药创制”课题、“辽宁省重大新药创制综合平台”、教育部“基于靶点的药物设计与研究”重点实验室的重要组成部分，现有省级重点实验室3个，市级重点实验室1个，校企合作实验室9个。“十二五”以来，承担国家科技重大专项课题、国家自然科学基金项目等国家级项目50项，省、市级科研项目118余项，转让科技成果200余项。成功开发国家一类新药“乙氧苯柳胺”，获得2个一类新药证书。国家1.1类新药“盐酸川丁特罗”已经完成III期临床研究，1.1类抗乙肝病毒新药物“盐酸艾咪朵尔”批准进入II期临床研究，成为国内外新药研究领域内有重大影响的科研成果。申请职务发明专利180余项；与企业签订合同（协议）119项，成交额2.39亿元，到款额6626万元。学院教师在SCI源期刊上共发表文章705篇，申请专利305件，获得授权专利127件。获得各级各类科技奖励20多项，其中国家科技进步二等奖1项、中国专利优秀奖1项，高等学校科学技术奖－科技进步二等奖1项。

学院同军事医学科学院、北京大学、吉林大学等单位建立合作办学、合作研究和合作培养研究生等。在加强国内高校联系交流的同时，学院与美国、日本、英国、韩国等20多个国家和地区的大学和科研部门建立了长期稳定的合作关系，开展广泛的国际合作与交流。