1931年11月20日，我校的前身“中国工农红军军医学校”在江西瑞金创立。1932年10月，改称“中国工农红军卫生学校”，并开始招收调剂班第一期学员。1939年4月，在我校第九期学员中，开始筹办高级制药班。 1940年9月，学校改称为“中国医科大学”，第九期学员毕业时，学生通过专题实验，合成制备出水扬酸苯汞、硫酸亚铁、硫酸钠等化学药品，并组织了一次小型展览会。1947年7月，学校成立药物研究室，在龙在云、胡振凯等教师带领下，开展磺胺类药物合成，利用猪肝制取肝膏，制备肝精注射液，改进转化糖制备工艺等9月，学校改称为“东北药科专门学校”，12月，药物研究室经实验研究打通了磺胺合成路线，得到磺胺（SN）结晶。并在佳木斯东北制药厂放大投产，以满足解放战争的急需。为此，东北民主联军卫生部给胡振凯等同志记三等功，以资鼓励。

1948年10月，东北药专着手制订药剂专科和制药系、分析系的教学计划。药剂专科学制为一年，制药系和分析系学制为二年。与此同时，学校从在校生中选出40多名程度较高的学员成立制药系，开始上数、理、化等基础课程。

1948年11月，学校迁校沈阳，接收了前沈阳医学院药学系，成立了中国医科大学药学院。 1949年4月，学校改称为“东北药学院”，以适应建设新型正规化大学的需要。8月18日，根据东北局、东北行政委员会“八一决定”，为培养医药高等专门人才的需要，学校设立制药、分析、药剂三个系，学制为四年，实行大学本科教育。

制药系下设制药专业，开始招收本科学生。1955年8月，经全国高校院系调整，将浙江医学院药学系和山东医学院药学系合并到我校。1956年9月1日起，学校改称为沈阳药学院。1958年8月1日，沈阳制药工业学校并入我校，制药系下设化学制药工艺专业、抗菌素制造工艺和化学三个本科专业。1962年抗菌素专业按调整的方针奉命停办，直至1974年重新恢复招生。1979年抗菌素专业在教学、科研取得长足发展的基础上改为微生物制药专业。随着学校的事业发展，制药系于1956、1984年分别开始招收药物化学硕士、博士研究生。1984、1998年分别开始招收微生物与生化药学硕士、博士研究生。

几十年来，制药系在各级领导的亲切关怀下，在全体同仁的不懈努力下，走出了一条健康发展之路，它曾在我国医药事业的蓬勃发展进程中发挥了重要的作用。1976年粉碎“四人帮”后，学校进入了药学高等教育新的发展时期，制药系步入了新的发展阶段，办学规模不断扩大。在招收化学药物制造工艺和抗菌素药物制造工艺专业本科生的基础上，又增设药物化学专业和生物制药专业本科生，同时分别开始招收药物化学硕士研究生和博士研究生，微生物与生化药学专业硕士、博士研究生。1993年经上级批准增设生物药学和制药工程学两个硕士学位授予权。1994年经国家教委批准学校更名为沈阳药科大学。学校设一院、三系、三部（药学系、制药系、中药系、工商管理学院、基础部、政教部、体育部）。制药系下设化学制药、微生物制药（由抗菌素药物制造工艺改名）、药物化学、生物（技术）制药四个专业。1995年开始我校与吉林大学联合培养本-硕连读生物（技术）制药六年制学生。

伴随着高等教育和医药事业的飞速发展，凝聚着艰苦奋斗、自强不息、顽强拼搏革命历史传统和勇攀科学高峰精神的制药系，在学科建设、师资培养、教学科研等各方面，都发生了日新月异的变化。在迎来沈阳药科大学70周年华诞之际，学校批准撤系建院，于2001年6月将原基础部的有机化学、无机化学教研室，科研处的合成二室，药学系的药物化学教研室并入制药系，合并组建了制药工程学院。2002 年 6 月，制药工程学院对所属教研室进行了合并调整，将原十三个教研室、研究室重组为七个教研室，两个实验中心， 2003 年经学校批准，在学院内又新增设了一个环境科学教研室。至此，制药工程学院现设有化学制药和生物制药两个系，下设八个教研室、两个教学实验中心。