药物化学为沈阳药科大学药学一级学科下的核心二级学科，在2017年底公布的全国第四轮学科评估排序中，我校药学排序为“A”级，在全国104所参评高校中与北京大学、浙江大学并列位居第二档，进入前4.81%，是辽宁省高校中排名最高的学科之一。
药物化学学科是我校历史最悠久的传统优势学科，1956年开始招收研究生，是我国批准的第一批硕士点(1981年)和第二批博士点(1984年)，设有博士后流动站(1991年)，同时也是辽宁省级重点学科(1996年起)。
药物化学是以创新药物为目标，以药物分子的设计与合成为主要研究任务的学科。研究内容涵盖药物分子设计、合成和构效关系，靶标的确认与化学生物学，天然活性成分的结构修饰及全合成，药物合成工艺设计与优化等。
药物化学拥有“长江学者和创新团队发展计划”教育部创新团队1个、“基于靶点的药物设计与研究实验室”教育部重点实验室1个、辽宁省高等学校重大科技平台1个，省级重点实验室1个、市重点实验室1个、国际合作实验室3个和校企合作研究中心7个。
药物化学学科现有教授、博导18人，其中二级教授4人；副教授、硕导10人；讲师2人。团队中“国家百千万人才工程”百人层次1人、教育部创新团队负责人1人、国务院政府特殊津贴获得者2人、国家中青年突出贡献专家1人、辽宁特聘教授4人、省教学名师3人；专职教师全部拥有博士学位，90%以上有海外留学经历。
累计承担和完成国家“863”计划、国家重大科技专项等国家级项目18项，国家自然科学基金项目17项，省、部、市级项目60项，累计获得经费资助4000余万元；横向课题签约158项，合同总额4819.6万元，已到款近3000万元；科研成果获省部级奖励9项，市级奖励5项；获国内外专利授权30项；获国家1.1类新药临床批件4个，新药转让单项最高1亿元，其它类别新药临床批件10个；发表科研论文400余篇，其中SCI文章160余篇；出版学术专著和教材40余部。
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